拉卡拉电签POS机刷1000元所需扣除的手续费，主要取决于交易类型（如贷记卡或借记卡交易）以及是否存在特殊优惠活动。以下是根据一般情况下的费率标准进行的计算：

一、贷记卡（信用卡）交易

• 标准费率：0.60%
• 计算方式：交易金额 × 费率 = 手续费
• 具体计算：1000元 × 0.60% = 6元

因此，在标准费率下，使用拉卡拉电签POS机刷1000元贷记卡（信用卡）需要扣除6元手续费。

二、借记卡交易

• 标准费率：0.50%，且设有20元封顶限额
• 计算方式：交易金额 × 费率（但不超过20元） = 手续费
• 具体计算：由于1000元 × 0.50% = 5元，且5元未超过20元封顶限额，因此手续费为5元。

然而，需要注意的是，如果交易金额非常小，手续费可能会按照最低收费标准来收取，而不是完全按照费率计算。但在本例中，1000元的交易金额已经足够大，因此可以直接按照费率来计算手续费。

三、特殊优惠活动

拉卡拉有时会推出针对特定用户或特定交易类型的优惠活动，如降低费率、免手续费等。如果用户在办理或使用POS机时参与了此类活动，那么实际扣除的手续费可能会有所不同。因此，建议用户在办理POS机时详细了解活动内容和优惠条件。

综上所述，在标准费率下，使用拉卡拉电签POS机刷1000元贷记卡（信用卡）需要扣除6元手续费，而刷借记卡则需要扣除5元手续费（在不超过20元封顶限额的前提下）。但具体手续费金额可能会因特殊优惠活动等因素而有所不同。